根据培养目的需要选择适宜的营养物质
由于微生物营养类型复杂，不同微生物有不同的营养要求。因此，要根据不同微生物的营养需求选择适宜的营养物质，配制针对性强的培养基。
自养微生物有较强的合成能力，能以简单的无机物如co2和无机盐合成复杂的细胞物质。因此，培养自养微生物的培养基应由简单的无机物组成。
异养微生物的合成能力较弱，不能以CO2作为碳源或主要碳源，故应在培养基中至少添加一种有机物。
注意营养物质的浓度与配比要合适
微生物只有在营养物质浓度及其比例合适时才能良好生长。营养物质浓度过低不能满足现生长需要，过高又抑制其生长。例如，适量的蔗糖是异养微生物的良好碳源和能源，但高浓度蔗糖则抑制菌体生长。金属离子是微生物生长矿质养分，但浓度扩大，尤其是重金属离子，反而抑制其生长，甚至产生杀菌作用。
控制培养基的条件
(1) 控制培养基的pH 配制培养基必须根据微生物的特点调节pH。各大类微生物要求的适宜生长pH范围不同。如霉菌与酵母菌一般为5.0-6.0, 细菌为6.5-7.5.放线菌为7.5-8.5.培养基的pH与其C/N有极大关系。C/N高的培养基，例如培养各种真菌的培养基，经培养后其pH明显下降;相反，C/N低的培养基，例如培养一般细菌的培养基， 经培养后，其pH则明显上升。这是由于营养物质的消耗与代谢产物的积累，改变了培养基的pH，若不及时控制，将导致菌体生长停止。
(2)调节氧化还原电位(Eh) 各种微生物对培养基的Eh要求不同。适宜好氧微生物生长的Eh值一般为+0.3~+0.4V，厌氧微生物只能在+0.1V以下生长，因此，培养好氧微生物必须保证氧的供应，可在培养基中加入氧化剂提高Eh值。
(3)调节渗透压 多数微生物能耐受较大范围渗透压的变化。培养基中营养物质的浓度过大，会使渗透压过高，使细胞发生质壁分离而抑制微生物生长。低渗溶液则使细胞吸水膨胀易破裂，因此，配制培养基时要掌握营养物质的浓度。常在培养基中加人适量的Nacl以提高渗透压。
原料来源的选择力求节约
配制培养基还应遵循力求节约的原则，尽量选用价格便宜、来源方便的原料。特别是在工业发酵中，培养基用量大，更应注意利用低成本的原料，降低产品成本。
灭菌处理
为了避免杂菌污染，获得微生物纯培养物，培养基必须及时严格灭菌。通常采用高压蒸汽灭菌。一般培养基用0. IMPa (121℃)维持15 ~ 30min即可灭菌。长时间的高温灭菌会使某些不耐热的物质破坏，如使糖类物质形成氨基糖、焦糖。因此，含糖培养基常用0.05MPa (110℃) 灭菌20 ~ 30min某些对糖类要求更高的培养基，可先将糖过滤除菌或间歇灭菌，再与其他已灭菌的成分混合。长时间高温灭菌也会使磷酸盐、碳酸盐与钙、镁铁等阳离子形成难溶性化合物而产生沉淀。为了防止这类沉淀发生，可将这些物质分别灭菌，冷却后再混合；也可在培养基中加入少量整合剂(0.01%乙二胺四乙酸，即EDTA)使金属离子形成可溶性络合物，防止沉淀的产生。高压蒸汽灭菌一般使培养基 pH降低， 应在配制培养基时加以调节。
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